Единственным акционером АО «Самрук-Қазына» является Правительство Республики Казахстан, в полномочия которого входит утверждение Стратегии развития Фонда, назначение директоров и Председателя Правления, утверждение финансовых результатов и получение дивидендов;

Общее руководство деятельностью компании осуществляет Совет директоров, который делегирует решение задач текущей деятельности компании Правлению во главе с его Председателем.